Obligatorisk mikrobiologisk testing av slakt er kostbart for slakterier, og det stilles spørsmål ved effekten det har på økt mattrygghet. For å redusere bakterienivå på griseslakt og dermed forbedre mattryggheten, skal programvaren "Hygienisk Regnskap" (HPR) utvikles i to trinn; i) lage en vitenskapsbasert protokoll for detaljert revisjon av hygienen langs slaktelinjen, med svarkategorier og vektet score, og ii) utvikling av et brukervennlig nettbasert programvare for protokollen, hvor resultatene vises med grafer og en liste over anbefalte forbedringer underbygget av bilder og videoer. Denne hygieneindikatoren gjenspeiler slakteriets evne til å håndtere mikrobiologiske farer, og vil inspirere til bedre rutiner, opplæring av personell og investeringer for hygieneforbedringer. Bedre hygiene vil gi mindre bakterier på kjøttet, noe som vil redusere humane matbårne sykdomstilfeller, lengre holdbarhet på kjøttprodukter og mindre matsvinn. I en baseline-studie skal HPR brukes i 20 norske og europeiske slakterier, hvor resultater sammenlignes med bakterienivået på slakt og et nytt europeisk verktøy for risikokategorisering av slakterier. Studien skal dokumentere hygienenivåer i Norge sammenlignet med Europa. Risikokategorisering av slakterier, foreslått av EFSA, vil tilsvare ordningen med smilefjes for restauranter. De to verktøyene sammen vil utfylle hverandre og forbedre mattryggheten.
Effekter av operasjoner langs slaktelinjen på mikrobiologisk forurensning av slakt, inkludert bakteriell dynamikk og mangfold, skal undersøkes av Veterinærinstituttet. Det skal gjennomføres en spørreundersøkelse blant interessenter om holdninger og vilje til å legge til rette for mer bærekraftig svinekjøttproduksjon, hygiene og risikopersepsjon.